Kalign (3.3.5) multiple sequence alignment

0      TAAGACTTCTAATTCGAGCCGAATTAGGTCAACCAGGATAC---CTAATTGGAGATGATC
1      TAAGCTTACTAATCCGGGCCGAATTAGGTCAACCTGGTTAT---CTAATTGGCGACGATC
2      TTAGTTTATTAATTCGAGCTGAACTAGGTCAACCAGGCTAT---TTAATTGGTGACGATC
3      TCAGTCTATTAATTCGAGCAGAACTTGGTCAACCAGGTTAT---CTAATTGGTGACGATC
4      TCAGTTTATTAATTCGAGCTGAACTTGGCCAACCAGGTTAT---TTAATTGGAGATGATC
5      TTAGTCTACTAATTCGAGCTGAATTAGGTCAACCTGGATAT---TTAATTGGTGATGATC
6      TCAGATTATTAATTCGAGCTGAACTTGGTCAGCCAGGATAT---TTAATTGGTGATGACC
7      TTAGATTGCTAATTCGAGCCGAATTAGGTCAACCAGGCTAC---CTAATTGGTGATGATC
8      TTAGATTATTAATCCGGGCTGAATTAGGTCAACCAGGCTAC---CTAATTGGAGATGATC
9      TAAGTCTATTAATTCGAGCTGAATTAGGACAGCCCGGGTAT---CTTATTGGAGATGATC
10     TTAGCTTATTAATTCGTGCTGAACTCGGACAGCCCGGGTAT---CTTATTGGAGATGATC
11     TTAGCTTATTAATTCGAGCTGAACTCGGACAGCCCGGGTAT---CTTATTGGAGACGATC
12     TTAGCTTATTAATTCGAGCCGAACTCGGGCAGCCCGGGTAT---CTTATTGGAGACGACC
13     TAAGTCTTTTAATTCGAGCTGAATTAGGACAACCTGGTTAT---TTAATTGGAGATGATC
14     TAAGTCTTTTAATTCGAGCTGAATTAGGACAACCTGGTTAT---TTAATTGGAGATGATC
15     TAAGTCTTTTAATTCGAGCTGAATTAGGACAACCTGGTTAT---TTAATTGGAGATGATC
16     TAAGAATAATTATTCGAACAGAATTAGGACAACCAGGATCA---TTAATTGGAGATGATC
17     TAAGCCTTTTAATTCGTTCAGAACTAAGACAACCCGGCTGTACTTTTATTGGTGATAGTC


0      AAATTTATAATGTAATTGTTACTGCTCACGCATTTGTAATAATCTTCTTTATAGTTATAC
1      AAATTTATAATGTTATTGTTACAGCTCATGCATTTGTAATAATTTTTTTTATAGTTATAC
2      AAATTTACAATGTTATTGTCACTGCCCATGCATTTGTAATAATTTTCTTTATAGTTATGC
3      AAATTTATAATGTTATTGTTACTGCTCACGCATTCGTAATAATTTTCTTTATAGTAATAC
4      AAATCTATAATGTAATTGTTACTGCTCACGCATTTGTAATAATTTTCTTTATAGTAATAC
5      AAATCTATAATGTAATTGTTACTGCACATGCATTTGTAATAATTTTCTTCATAGTAATAC
6      AAATTTACAACGTAATTGTTACCGCACACGCATTCGTCATAATTTTCTTTATAGTAATAC
7      AAATTTATAATGTAATTGTCACTGCCCATGCATTTGTAATAATCTTCTTTATAGTAATAC
8      AAATTTATAATGTAATTGTAACTGCCCATGCATTTGTAATAATCTTCTTTATAGTTATAC
9      AAATTTATAACGTAATTGTAACAGCTCATGCATTCGTAATAATTTTTTTTATAGTTATAC
10     AAATTTATAATGTTATTGTTACTGCCCATGCATTTGTAATAATTTTCTTCATAGTAATAC
11     AAATTTATAATGTTATCGTTACTGCCCATGCCTTTGTAATAATTTTCTTCATAGTAATAC
12     AAATCTACAATGTTATCGTTACTGCACATGCATTCGTAATAATTTTCTTCATAGTAATAC
13     AAATTTATAATGTTATTGTTACAGCCCATGCTTTCGTAATAATTTTCTTTATAGTTATAC
14     AAATTTATAATGTTATTGTTACAGCCCATGCTTTCGTAATAATTTTCTTTATAGTTATAC
15     AAATTTATAATGTTATTGTTACAGCCCATGCTTTCGTAATAATTTTCTTCATAGTTATAC
16     AAATCTATAATGTAATTATTACAGCACACGCATTTGTAATAATCTTCTTTATAGTTATAC
17     AAATCTATAATGTAATTGTAACCTCTCATGCCTTTGTAATAATCTTCTTTATAGTTATAC


0      CTATTATAATTGGAGGATTTGGTAATTGATTAGTTCCTTTAATACTAGGAGCCCCAGATA
1      CTATTATAATCGGAGGATTTGGTAACTGATTAGTCCCTTTAATATTAGGGGCACCAGATA
2      CTATTATAATTGGAGGATTCGGAAATTGACTCGTTCCTTTAATACTAGGAGCCCCAGATA
3      CTATTATAATTGGAGGATTCGGAAATTGACTTGTCCCTTTAATATTAGGGGCTCCAGATA
4      CTATTATAATTGGTGGATTCGGAAATTGACTTGTCCCTTTAATACTAGGAGCCCCAGATA
5      CTATTATAATTGGAGGATTTGGAAATTGACTTGTCCCTTTAATATTAGGGGCTCCTGATA
6      CTATTATAATTGGAGGATTCGGGAACTGATTAGTACCACTAATATTAGGAGCACCTGATA
7      CTATTATAATTGGAGGTTTTGGTAATTGATTAGTTCCTTTAATACTTGGAGCACCAGATA
8      CTATTATAATTGGTGGATTTGGTAATTGATTAGTTCCTTTAATACTCGGGGCACCAGATA
9      CAATTATAATTGGGGGATTCGGAAATTGATTAGTCCCTTTAATACTAGGGGCCCCTGATA
10     CAATTATAATTGGAGGATTCGGAAATTGATTAGTTCCATTAATACTAGGGGCCCCTGATA
11     CAATTATAATTGGAGGATTTGGAAATTGATTAGTTCCTTTAATACTAGGGGCCCCTGATA
12     CTATTATAATCGGGGGGTTTGGGAATTGATTAGTTCCATTAATACTCGGGGCCCCTGATA
13     CTATTATAATTGGAGGATTTGGAAATTGGTTAGTCCCTTTAATATTAGGGGCTCCTGATA
14     CTATTATAATTGGAGGATTTGGAAATTGGTTAGTCCCTTTAATATTAGGGGCTCCTGATA
15     CTATTATAATTGGAGGATTTGGAAATTGGTTAGTCCCTTTAATATTAGGGGCTCCTGATA
16     CTATTATAATTGGAGGATTTGGTAATTGACTTGTCCCATTAATAATTGGAGCACCAGATA
17     CTATTATAATTGGAGGATTTGGAAATTGACTTGTACCATTACTATTAGGAGCACCAGATA


0      TAGCCTTTCCCCGAATAAATAACATAAGTTTTTGATTACTACCTCCTTCATTAACTTTAT
1      TAGCATTCCCTCGGATAAACAACATAAGTTTTTGATTACTACCCCCCTCCTTAACACTTC
2      TAGCTTTCCCTCGAATAAACAATATAAGATTCTGATTATTACCCCCATCATTAACCCTTC
3      TAGCTTTCCCTCGAATAAATAATATAAGATTTTGATTATTACCCCCCTCATTAACCCTTC
4      TAGCTTTCCCTCGAATGAACAATATAAGATTTTGATTATTACCTCCATCATTAACACTTC
5      TAGCTTTCCCTCGAATAAACAATATAAGATTTTGATTACTTCCGCCTTCATTAACCCTCC
6      TAGCCTTCCCTCGTATGAATAACATAAGATTTTGATTACTACCACCCTCATTAACCCTAC
7      TAGCTTTCCCTCGAATAAATAATATAAGATTTTGATTACTACCCCCCTCACTTACCCTAT
8      TAGCTTTCCCCCGAATAAACAATATAAGTTTTTGATTACTACCTCCTTCTCTTACCTTAT
9      TAGCATTCCCTCGAATAAATAATATAAGCTTCTGATTACTACCCCCTTCTTTAACCCTTT
10     TAGCTTTCCCCCGAATAAACAATATAAGCTTCTGGCTGCTACCTCCCTCTTTAACCCTTC
11     TAGCTTTCCCTCGAATAAACAATATAAGCTTCTGGCTACTGCCTCCCTCTTTAACCCTTC
12     TAGCTTTCCCTCGAATAAATAACATGAGCTTCTGATTATTACCTCCATCTTTGACCCTTC
13     TAGCATTTCCGCGAATAAATAATATAAGTTTTTGACTACTCCCACCTTCTTTAACCCTTC
14     TAGCATTTCCGCGAATAAATAATATAAGTTTTTGACTACTCCCACCTTCTTTAACCCTTC
15     TAGCATTTCCGCGAATAAATAATATAAGTTTTTGATTACTCCCACCTTCTTTAACCCTTC
16     TAGCATTTCCACGAATAAATAACATAAGTTTTTGACTTTTACCCCCTTCATTGACCCTAC
17     TAGCATTTCCCCGATTAAATAATTTAAGTTTCTGACTTCTTCCTCCTTCACTCATACTCC


0      TATTAGCTAGAAGTATAGTTGAAAATGGAGCCGGAACAGGTTGAACCGTATACCCCCCAT
1      TCCTCGCCAGCAGTCTAGTTGAAAATGGAGCGGGGACAGGTTGAACTGTATACCCCCCTT
2      TTCTTAGAAGAAGCCTCGTGGAAAGTGGTGCTGGTACAGGATGAACGGTTTATCCTCCCC
3      TTCTTAGAAGAAGTCTTGTGGAAAGTGGTGCTGGTACAGGATGAACAGTTTACCCTCCTC
4      TTCTTAGAAGAAGTCTTGTAGAAAATGGTGCAGGTACTGGTTGAACAGTTTACCCTCCTC
5      TTCTAAGAAGAAGTCTTGTGGAAAATGGTGCGGGGACTGGTTGAACGGTTTACCCACCCC
6      TTCTTAGAAGCAGTTTAGTGGAAAGTGGGGCGGGTACAGGATGAACAGTATACCCTCCTT
7      TACTCAGAAGTAGTTTAGTGGAAAATGGAGCAGGGACCGGATGAACAGTTTACCCTCCTT
8      TACTCAGAAGTAGTTTAGTGGAAAATGGGGCAGGAACTGGGTGAACAGTTTACCCACCTT
9      TATTAAGAAGTAGCCTAGTAGAAAATGGTGCTGGTACTGGTTGAACGGTTTACCCTCCTT
10     TTCTTGCAAGAAGCCTTGTTGAAAACGGAGCAGGCACTGGTTGAACAGTGTACCCCCCGC
11     TTCTTGCAAGAAGCCTTGTTGAAAACGGAGCAGGTACAGGTTGAACAGTGTACCCCCCAC
12     TTCTCGCAAGAAGCCTTGTCGAAAACGGAGCAGGCACAGGTTGAACAGTGTACCCACCTC
13     TTCTTGCTAGAAGTCTTGTGGAAAATGGGGCTGGGACAGGATGAACAGTTTACCCACCAT
14     TTCTTGCTAGAAGTCTTGTGGAAAATGGGGCTGGGACAGGATGAACAGTTTACCCACCAT
15     TTCTTGCTAGAAGTCTCGTGGAAAATGGAGCTGGGACAGGATGAACAGTTTACCCACCAT
16     TCCTTTCATCTTCTATAGTAGATAACGGAGCTGGGACTGGATGAACAGTTTACCCTCCAC
17     TACTAGCTAGCTCTCTTGTGCAAAATGGAGCAGGTACAGGATGAACACTTTACCCACCTC


0      TATCTGCCGGAATTGCTCATGGTGGAGCTTCTGTAGATTTGGCTATTTTCTCTCTTCACC
1      TATCAGCAGGAATCTCCCATGGAGGAGCCTCTGTAGATTTAGCTATCTTCTCCTTACACT
2      TTTCTTCAGGCATTGCTCATGCAGGTGCTTCAGTTGACTTAGCTATTTTCTCCCTCCACT
3      TTTCTTCAGGTATCGCTCATGCAGGTGCCTCAGTTGATCTGGCTATTTTTTCTCTTCATT
4      TTTCTTCTGGTATTGCTCACGCAGGAGCCTCTGTTGATTTAGCTATTTTCTCCTTACATT
5      TTTCTTCAGGTATTGCCCACGCGGGGGCTTCAGTAGATTTAGCTATTTTTTCTCTTCACC
6      TATCCTCGGGAATCGCACACGCAGGAGCATCTGTCGATTTAGCAATCTTTTCCCTTCACT
7      TATCATCTGGTATTGCACATGCAGGAGCCTCAGTTGACTTAGCTATCTTCTCTCTTCATC
8      TATCTTCTGGAATTGCCCATGCTGGTGCCTCCGTGGATTTAGCTATCTTCTCCCTTCACT
9      TATCATCAGGTATTGCTCATGCGGGGGCCTCAGTAGATTTAGCAATCTTCTCACTACATT
10     TTTCAGCAGGAATCGCTCATGCTGGAGCTTCAGTAGATTTAGCTATTTTCTCCTTACATC
11     TCTCAGCAGGAATCGCTCATGCTGGAGCTTCAGTAGATTTAGCTATTTTCTCCTTACATC
12     TTTCTGCAGGAATCGCTCATGCTGGGGCCTCAGTAGATTTAGCTATTTTTTCTTTACACC
13     TATCAGCAGGAATTGCCCATGCAGGAGCTTCCGTTGACTTAGCAATTTTTTCCTTACATC
14     TATCAGCAGGAATTGCCCATGCAGGAGCTTCCGTTGACTTAGCAATTTTTTCCTTACATC
15     TATCAGCAGGGATTGCTCATGCAGGAGCTTCCGTTGACTTAGCAATTTTTTCCTTACATC
16     TCGCTGGAGCAATTGCTCATGGAGGAGCATCAGTTGATTTAGCAATTTTCTCATTACATC
17     TTTCTGCAAATACTGGACATCCAGGTACTGCAATTGATCTAGTAATTTTCTCCCTCCATC


0      TGGCTGGAATTTCATCTATTTTAGGAGCAGTAAACTTTATTACTACTATTATTAATATAC
1      TAGCTGGTATTTCATCAATCTTAGGTGCCGTAAACTTTATCACCACAACAATTAATATGC
2      TAGCCGGTGTGTCATCTATTTTAGGTGCTGTTAATTTTATTACCACAACTATTAATATAC
3      TAGCAGGTGTATCATCTATTCTAGGTGCAGTTAATTTTATTACGACAACTATTAATATAC
4      TAGCAGGGATTTCTTCTATTCTAGGGGCTGTTAACTTTATTACTACAACCATTAATATAC
5      TAGCAGGTGTTTCTTCCATTCTAGGTGCCGTGAATTTCATTACCACAACTATTAACATAC
6      TAGCCGGTGCCTCTTCTATTCTCGGGGCTGTCAATTTCATCACTACAACTATTAATATAC
7      TAGCTGGTGTATCCTCCATTTTAGGTGCCGTAAATTTCATTACCACAACCATTAATATAC
8      TAGCAGGGATCTCTTCTATTCTAGGAGCCGTAAATTTCATTACTACAACTATTAATATAC
9      TAGCCGGAGTTTCATCCATCCTAGGAGCAGTAAACTTTATTACAACAACCATTAATATAC
10     TTGCCGGAATCTCATCAATTCTCGGGGCTGTAAATTTTATCACTACAACAATTAATATAC
11     TTGCCGGAATCTCATCAATTCTCGGGGCTGTAAATTTTATCACTACAACAATTAATATGC
12     TTGCCGGAATCTCATCAATTCTTGGGGCTGTAAACTTCATTACAACTACAATTAATATGC
13     TAGCTGGTATTTCTTCTATTTTAGGTGCAGTAAATTTTATTACTACTACAATTAATATAC
14     TAGCTGGTATTTCTTCTATTTTAGGTGCAGTAAATTTTATTACTACTACAATTAATATAC
15     TAGCTGGTATCTCTTCTATTTTAGGTGCAGTAAATTTTATTACTACTACAATTAATATAC
16     TTGCAGGTGTATCATCAATTCTAGGGGCAGTTAATTTCATTACAACAACAATTAATATAC
17     TTGCAGGGATTTCTTCAATTCTTGGTGCCATCAATTTTATTTCAACAGCTATAAATATAC


0      GATCACCTGGTATATCACTTGATCAAACCCCTCTATTTGTTTGATCAGTAGGTATTACAG
1      GAGCCCCCGGAATATCTTTAGATCAAACCCCCCTATTTGTTTGATCCGTAGCAATTACAG
2      GTGCTCCTGGTATATCTTTAGATCAAACCCCATTATTTGTTTGATCTGTAGCCATCACAG
3      GTGCTCCTGGTATATCTTTAGATCAAACTCCATTATTTGTATGATCTGTAGCTATCACAG
4      GCGCTCCTGGAATATCTTTAGATCAAACCCCTTTATTTGTTTGAGCTGTAGCTATTACTG
5      GTGCTCCTGGGATATCCTTGGATCAAACTCCTTTATTTGTTTGAGCTGTAGCAATTACAG
6      GAGCTCCTGGTATATCTTTAGATCAGACACCCTTATTTGTTTGAGCAGTAGCTATCACCG
7      GAGCTCCAGGTATATCCTTAGATCAAACTCCATTATTTGTATGAGCTGTAGCCATCACAG
8      GAGCCCCTGGGATATCACTAGATCAAACTCCATTATTCGTATGAGCAGTAGCTATTACTG
9      GAGCTCCTGGTATATCATTAGATCAAACACCTTTATTTGTATGAGCTGTTGCAATCACTG
10     GAGCCCCGGGGATATCTCTCGATCAAACACCCTTATTTGTTTGAGCTGTAGCAATTACTG
11     GAGCCCCGGGGATATCCCTCGACCAAACACCCTTATTTGTTTGAGCTGTAGCAATTACTG
12     GTGCCCCAGGCATATCCCTTGATCAAACGCCCCTATTTGTTTGGGCTGTGGCAATTACAG
13     GAGCCCCAGGAATATCACTTGATCAAACACCTTTATTTGTTTGAGCAGTAGCTATTACAG
14     GAGCCCCAGGAATATCACTTGATCAAACACCTTTATTTGTTTGAGCAGTAGCTATTACAG
15     GAGCCCCAGGAATATCACTTGATCAAACACCTTTATTTGTTTGAGCAGTAGCTATTACAG
16     GGTCAGAAAGAATAACCTTAGATCAAACACCACTATTTGTTTGATCAGTAGCCATTACAG
17     GTGCCCCAGGAATATCACTTGACAAAACTCCTCTTTTCGTTCATGCCGTTACTATTACAG


0      CTCTATTACTTCTACTCTCTCTACCGGTTTTAGCGGGTGCGATTACAATATTATTAACTG
1      CACTATTATTACTTCTCTCACTACCTGTTTTAGCCGGTGCTATTACTATACTATTAACCG
2      CTTTATTATTATTACTTTCCCTACCTGTATTGGCAGGAGCTATTACTATATTATTAACTG
3      CTTTATTACTTTTGCTTTCCCTCCCTGTGTTAGCAGGAGCTATTACCATATTATTAACTG
4      CCTTATTACTCCTGCTTTCCTTACCCGTTCTAGCTGGAGCTATCACCATACTATTAACCG
5      CTTTATTACTTCTTCTATCTCTTCCTGTTTTAGCAGGGGCTATTACCATATTATTAACTG
6      CTTTATTATTACTTTTATCACTGCCTGTGTTGGCCGGAGCAATCACTATATTGTTAACAG
7      CCTTGCTTCTCCTTTTATCTTTACCTGTACTAGCAGGAGCTATTACTATACTATTAACAG
8      CCTTACTATTACTCTTATCCCTCCCCGTATTAGCAGGAGCAATTACTATACTTCTAACAG
9      CTCTACTGCTTCTTCTTTCACTACCCGTATTAGCTGGGGCTATCACAATACTACTAACCG
10     CTCTTTTACTCTTACTCTCGCTCCCTGTACTTGCAGGAGCAATTACAATACTTTTAACAG
11     CTCTTTTACTCTTACTCTCGCTCCCTGTGCTCGCAGGAGCAATTACAATACTTTTAACAG
12     CCCTTCTACTCTTACTATCACTCCCTGTTCTTGCGGGGGCAATTACAATACTTTTAACAG
13     CATTGCTTCTTCTTCTTTCCCTTCCTGTTTTAGCAGGAGCTATTACTATACTTTTAACAG
14     CATTGCTTCTTCTTCTTTCCCTTCCTGTTTTAGCAGGAGCTATTACTATACTTTTAACAG
15     CATTGCTTCTTCTTCTTTCCCTTCCTGTTTTAGCAGGAGCTATTACTATACTTTTAACAG
16     CTCTACTTTTATTATTGTCACTTCCAGTATTAGCAGGAGCTATTACAATATTATTAACTG
17     CTCTTCTCCTTTTAACATCTCTACCAGTTTTAGCTGGAGCTATTACTATACTTCTAACAG


0      ATCGAAATCTTAATACATCATTCTTTGATCCTGCTGGTGGGGGAGACCCTATTTTATACC
1      ATCGTAACTTAAATACTTCCTTTTTTGACCCCGCAGGAGGTGGGGATCCTATTCTTTACC
2      ATCGAAATTTAAATACATCATTCTTTGACCCAGCTGGAGGGGGTGACCCAATTCTTTACC
3      ATCGAAATTTAAATACATCATTCTTTGACCCAGCTGGAGGGGGTGACCCAATTTTGTATC
4      ACCGAAACCTTAATACCTCTTTCTTCGACCCAGCTGGGGGTGGTGACCCTATTTTATACC
5      ATCGAAACTTAAATACTTCATTTTTCGACCCAGCTGGAGGGGGTGACCCCATTTTATATC
6      ACCGAAATCTTAATACATCATTCTTCGACCCAGCCGGAGGGGGAGACCCAATTCTATACC
7      ATCGAAACTTAAATACTTCCTTCTTTGATCCAGCAGGAGGGGGAGACCCAA---------
8      ATCGGAATCTTAATACATCCTTCTTTGATCCAGCAGGTGGTGGAGATC------------
9      ATCGAAATTTAAATACCTCATTCTTTGACCCAGCAGGAGGAGGGGATCCTATTTTATACC
10     ATCGTAACTTAAATACGTCCTTCTTTGATCCTGCCGGGGGTGGAGACCCAATCCTATATC
11     ATCGTAATTTAAATACATCCTTCTTTGATCCTGCCGGGGGTGGAGACCCAATCCTATATC
12     ATCGGAACTTAAATACATCCTTCTTTGACCCTGCTGGAGGTGGAGACCCAATCCTGTATC
13     ATCGAAATTTAAATACCTCTTTTTTTGACCCTGCCGGTGGGGGAGACCCTATTCTTTATC
14     ATCGAAATTTAAATACCTCTTTTTTTGACCCTGCCGGTGGGGGAGACCCTATTCTTTATC
15     ATCGAAATTTAAATACCTCTTTTTTTGACCCAGCTGGTGGGGGAGACCCTATTCT-----
16     ACCGAAATTTAAATACATCATTTTTTGATCCTGCAGGAG---------------------
17     ATCGTAACTTAAATACATCATTTTTCGATCCAGCAGGAGGTGGAGACCCAGTTTTATATC


0      AACA
1      AACA
2      AACA
3      AACA
4      AACA
5      AACA
6      AACA
7      ---T
8      ---C
9      AACA
10     AACA
11     AACA
12     AACA
13     AACA
14     AACA
15     ---T
16     ---G
17     AACA