Uploaded image for project: 'UGENE'
  1. UGENE
  2. UGENE-8103

Improve the "Overhang type"

    XMLWordPrintable

    Details

    • Type: Improvement
    • Status: Open
    • Priority: Major
    • Resolution: Unresolved
    • Affects Version/s: None
    • Fix Version/s: None
    • Component/s: None
    • Sprint:
      DEV-51-2, DEV-51-3, DEV-51-4, DEV-51-5, DEV-51-RELEASE, DEV-52-1
    • Affect Type:
      Userdefined

      Description

      Read this and find the best solution:

      5.5 В боксе «Фильтр таблицы ферментов» под опцией «Длина сайта распознавания» находится опция «Тип перекрытия».
      Насколько я понимаю, эта опция может быть интересна и полезна лишь тем, кто после проведения рестрикции собирается ставить лигирование, т. е. «сшивать» образованные рестриктазами фрагменты ДНК между собой.

      В этом и только в этом случае нас будет интересовать, какой рестриктаза даёт конец: тупой, «липкий»3' или «липкий»5', и сколько «липких» букв торчит.

      Но в этом случае нас будет интересовать не только тип разреза «тупой» vs «липкий», но и комплементарны ли липкие концы сшиваемых фрагментов. Т.е. нас будут интересовать конкретные буквы ДНК на месте разреза.
      А кроме того, скорее всего, что «пришиваемый» фрагмент пользователь будет брать из другой последовательности ДНК. Т.е. из другого файла.

        Attachments

          Activity

            People

            Assignee:
            dsukhomlinov Dmitrii Sukhomlinov
            Reporter:
            dsukhomlinov Dmitrii Sukhomlinov
            Watchers:
            1 Start watching this issue

              Dates

              Created:
              Updated: